由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達到要求。但是貨架越高，機械設(shè)備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內(nèi)優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設(shè)計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。
不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設(shè)備，因此對人員的素質(zhì)要求比較高，人員素質(zhì)跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進行的培訓。
自動化立體倉庫的上游、下游及其內(nèi)部各子系統(tǒng)的協(xié)調(diào)，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產(chǎn)品，各種設(shè)施設(shè)備也非常，但是由于各子系統(tǒng)間協(xié)調(diào)性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。
組成部分
1、貨架:用于存儲貨物的鋼結(jié)構(gòu)。主要有焊接式貨架和組合式貨架兩種基本形式。
2、托盤（貨箱）：用于承載貨物的器具，亦稱工位器具。
3、巷道堆垛機:用于自動存取貨物的設(shè)備。按結(jié)構(gòu)形式分為單立柱和雙立柱兩種基本形式；按服務方式分為直道、彎道和轉(zhuǎn)移車三種基本形式。
4、輸送機系統(tǒng):立體庫的主要外圍設(shè)備，負責將貨物運送到堆垛機或從堆垛機將貨物移走。輸送機種類非常多，常見的有輥道輸送機，鏈條輸送機，升降臺，分配車，提升機，皮帶機等。
5、AGV系統(tǒng):即自動導向小車。根據(jù)其導向方式分為感應式導向小車和激光導向小車。
6、自動控制系統(tǒng):驅(qū)動自動化立體庫系統(tǒng)各設(shè)備的自動控制系統(tǒng)。以采用現(xiàn)場總線方式為控制模式為主。
7、儲存信息管理系統(tǒng):亦稱中央計算機管理系統(tǒng)。是全自動化立體庫系統(tǒng)的核心。典型的自動化立體庫系統(tǒng)均采用大型的數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)（如ORACLE，SYBASE等）構(gòu)筑典型的客戶機/服務器體系，可以與其他系統(tǒng)（如ERP系統(tǒng)等）聯(lián)網(wǎng)或集成。
傳統(tǒng)倉庫只是貨物儲存的場所，保存貨物是其的功能，是一種“靜態(tài)儲存”。自動化立體倉庫采用的自動化物料搬運設(shè)備，不僅能使貨物在倉庫內(nèi)按需要自動存取，而且可以與倉庫以外的生產(chǎn)環(huán)節(jié)進行有機的連接，并通過計算機管理系統(tǒng)和自動化物料搬運設(shè)備使倉庫成為企業(yè)生產(chǎn)物流中的一個重要環(huán)節(jié)。企業(yè)外購件和自制生產(chǎn)件進入自動化倉庫儲存是整個生產(chǎn)的一個環(huán)節(jié)，短時儲存是為了在的時間自動輸出到下一道工序進行生產(chǎn)，從而形成一個自動化的物流系統(tǒng)，這是一種“動態(tài)儲存”，也是當今自動化倉庫發(fā)展的一個明顯的技術(shù)趨勢。
堆垛機
堆垛機是整個自動化立體倉庫的核心設(shè)備，通過手動操作、半自動操作或全自動操作實現(xiàn)把貨物從一處搬運到另一處。它由機架（上橫梁、下橫梁、立柱）、水平行走機構(gòu)、提升機構(gòu)、載貨臺、貨叉及電氣控制系統(tǒng)構(gòu)成。
①堆垛機形式的確定：堆垛機形式多種多樣，包括單軌巷道式堆垛機、雙軌巷道式堆垛機、轉(zhuǎn)巷道式堆株機、單立柱堆垛機、雙立柱堆垛機等等。
②堆垛機速度的確定：根據(jù)倉庫的流量要求，計算出堆垛機的水平速度、提升速度及貨叉速度。
③其它參數(shù)及配置：據(jù)倉庫現(xiàn)場情況及用戶的要求選定堆垛機的定位方式、通訊方式等。堆垛機的配置可高可低，視具體情況而定。
自動化管理提高了倉庫的管理水平。自動化立體倉庫采用計算機對貨品信息進行準確無誤的信息管理，減少了在存儲貨物中可能會出現(xiàn)的差錯，提高了工作效率。同時，立體自動化倉庫在入庫出庫的貨品運送中實現(xiàn)機動化，搬運工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設(shè)計使一些對環(huán)境有特殊要求的貨品能有很好的保存環(huán)境，比如有毒、易爆的貨品，也減少了人在搬運貨品時可能會受到的傷害。
板材存儲需要用到倉庫貨架，以前多半使用橫梁式板材貨架存儲，存儲量及效率都相對較低。所以如今很多企業(yè)會考慮使用自動化板材立體倉庫貨架，以降本增效。
板材立體倉庫是一種智能倉儲系統(tǒng)，用于存儲體積大、重量較重的板材。這種倉庫通常具有較高的科技含量，設(shè)計和規(guī)劃都需要的機械分析軟件和材料分析測試，以確保承重、貨架穩(wěn)定性等安全問題。
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