通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周圍沉積物的礦物質所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。
簡單地說，化石就是生活在遙遠的過去的生物的遺體或遺跡變成的"石頭"。許多都被當時的泥沙掩埋起來。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機物質分解殆盡；同樣，那些生物生活時留下的痕跡也可以這樣保留下來。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱為化石。從化石中可以看到古代動物、植物的樣子，從而可以推斷出古代動物、植物的生活情況和生活環(huán)境，可以推斷出埋藏化石的地層形成的年代和經歷的變化，可以看到生物從古到今的變化等等。因為在較老的巖石中的化石通常是原始的較簡單的，而在年代較新的巖石中的類似種屬的化石就要復雜和。
早可以被明確歸類于植物界的化石是在寒武紀時的綠藻化石。這些化石像是絨枝藻目鈣化了的多細胞成員。更早的前寒武紀化石中有發(fā)現像是單細胞綠藻的化石，但依然不確定是何種藻類。
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